ג'וֹנִין (ביפנית: 上忍 - נינג'ה בכיר) הם בדרך כלל נינג'ות בעלי ניסיון רב ויכולות גבוהות שמשמשים בתור מפקדים, נשלחים למשימות בדרגה א', ולעתים לדרגה ס', שהיא הדרגה הקשה ביותר. לעתים הם משמשים כראשי צוות של שלישיית גנינים ומופקדים על המשך הדרכתם או משמשים בתור בוחנים בבחינות שונות. בשלב זה אין מידע מדויק לגבי מה דרוש כדי להפוך לג'ונין, אך באחד מספרי המידע של הסדרה צויין שבשביל להפוך לג'ונין חייב הנינג'ה להיבחר על ידי ראש הכפר - הקאגה. הם יכולים להתעלות על אנבו וצייד נינג'ות.